Сергей Михайлович Аноприенко родился 24 ноября 1970 года в городе Новый Оскол Белгородской области.
В 1992 году окончил Московское высшее общевойсковое командное училище им. Верховного Совета РСФСР, в 2011 году - Российскую академию народного хозяйства и государственной службы при президенте РФ, в 2016 году - аспирантуру Института менеджмента, экономики и инноваций (Москва).
В конце 2000-х - начале 2010-х годов возглавлял федеральное казенное учреждение «Управление государственной экспертизы и жилищного обеспечения МЧС России».
В 2012 году перешел на работу в Федеральное агентство по управлению государственным имуществом (Росимущество), где возглавил управление по размещению федеральных органов власти.
В 2016-2017 годах занимал должность начальника управления имущества федеральных органов власти и организаций в сфере обороны и безопасности Росимущества.
С 20 октября 2017 года был заместителем руководителя Росимущества, курировал управление имущества федеральных органов власти и организаций в сфере обороны и безопасности, управление земельных отношений и управление имущества государственной казны (до декабря 2018 года агентство возглавлял Дмитрий Пристансков, затем - Вадим Яковенко).
Сумма декларированного дохода за 2018 год составила 1 млн 796 тыс. рублей.
Действительный государственный советник РФ III класса (2018).